Les différence principale entre l'exome et le transcriptome est que le l'exome est la séquence complète de tous les exons des gènes codant pour les protéines du génome, tandis que le transcriptome est l'ensemble des molécules d'ARN messager dérivées des gènes codant pour les protéines. De plus, l'exome couvre 1 à 2% de la séquence totale du génome tandis que le transcriptome représente moins de 4% de l'ARN total de la cellule.

L'exome et le transcriptome sont deux collections de séquences dans les gènes codant pour les protéines du génome. Les deux ont diverses applications dans les études génomiques ainsi que dans le diagnostic des maladies.

Domaines clés couverts

1. Qu'est-ce qu'Exome - Définition, faits, techniques 2. Qu'est-ce que le transcriptome - Définition, faits, techniques 3. Quelles sont les similitudes entre l'exome et le transcriptome – Aperçu des caractéristiques communes 4. Quelle est la différence entre l'exome et le transcriptome – Comparaison des principales différences

Mots clés

Exon, Exome, ARNm, Gènes codant pour les protéines, Transcriptome

Qu'est-ce qu'Exome

L'exome est la collection d'exons dans les gènes codant pour les protéines du génome d'un organisme particulier. La séquence codante du génome est regroupée en gènes, qui peuvent être codés pour des protéines ou de l'ARN. Dans le génome procaryote, la séquence codante n'est pas interrompue par d'autres séquences tandis que dans le génome eucaryote, la séquence codante du gène est interrompue par des séquences non codantes appelées introns. Par conséquent, les séquences codantes groupées sont appelées exons.

Figure 1: Exons et introns

Dans les gènes codant pour les protéines, l'ARN polymérase transcrit les introns ainsi que les exons dans l'ARNm précurseur au cours de la transcription. Les introns incorporés sont supprimés lors des modifications post-transcriptionnelles suivantes. La principale technologie utilisée dans l'étude de l'exome est le séquençage de l'exome entier (WES). WES est impliqué dans l'hybridation de l'ADN fragmenté d'un génome particulier afin d'identifier les séquences d'ADN cibles suivie d'un séquençage.

Qu'est-ce que le transcriptome

Le transcriptome est l'ensemble total des ARNm exprimés dans une cellule. Il représente moins de 4% de l'ARN total de la cellule. Puisque le transcriptome spécifie la composition du protéome, il détermine la capacité biochimique de cette cellule particulière. De plus, le transcriptome d'une cellule particulière ne peut pas être synthétisé et il parvient toujours à la cellule fille de la cellule mère au cours de la division cellulaire. Ainsi, la transcription, qui est le processus de production d'ARN, est l'étape du maintien du transcriptome.

Figure 2: Transcriptome de la cellule pluripotente

D'autre part, bien que chaque cellule contienne des informations pour la production du transcriptome entier de l'espèce, les gènes qui s'expriment dans la cellule dépendent également des facteurs environnementaux. Les deux principales technologies utilisées dans l'étude des transcriptomes sont le microarray et le RNA-seq.

Similitudes entre l'exome et le transcriptome

Différence entre l'exome et le transcriptome

Définition

L'exome fait référence à la partie du génome constituée d'exons, qui codent les informations pour la synthèse des protéines, tandis que le transcriptome fait référence à la somme totale de toutes les molécules d'ARN messager exprimées dans les gènes d'un organisme. La principale différence entre l'exome et le transcriptome s'explique donc d'elle-même à partir de cette définition.

Importance

Par conséquent, l'exome est l'ensemble total d'exons dans les gènes codant pour les protéines, tandis que le transcriptome est l'ensemble total d'ARNm exprimés dans la cellule.

ADN ou ARN

De plus, l'exome est constitué d'ADN tandis que le transcriptome est constitué d'ARN.

Montant

L'exome représente 1 à 2 % du génome total tandis que le transcriptome représente moins de 4 % de l'ARN total de la cellule.

Niveau

Une autre différence entre l'exome et le transcriptome est que l'exome est au niveau génomique tandis que le transcriptome est au niveau de la transcription.

Technique

De plus, le séquençage de l'exome entier est la technique permettant de déterminer l'exome, tandis que le microarray et l'ARN-seq déterminent le transcriptome.

Conclusion

L'exome est l'ensemble des exons du génome déterminé par le WES du génome. Par conséquent, l'exome est un concept basé sur l'ADN. Mais le transcriptome est un concept basé sur l'ARN puisqu'il s'agit de l'ensemble des ARNm de la cellule. La principale différence entre l'exome et le transcriptome réside dans leur concept.

Référence:

1. Warr, Amanda et al. « Séquençage de l'exome: perspectives actuelles et futures ». G3: Gènes|Génomes|Génétique 5.8 (2015): 1543-1550. PMC. La toile. 6 sept. 2018. Disponible ici2. TA marron. Génomes. 2e édition. Oxford: Wiley-Liss; 2002. Chapitre 3, Transcriptomes et protéomes. Disponible ici

Image de courtoisie:

1. «Introns d'exons d'ADN» Par l'Institut national de recherche sur le génome humain - (Domaine public) via Commons Wikimedia 2. «Le transcriptome des cellules pluripotentes» Par Grskovic, M. et Ramalho-Santos, M., Le transcriptome pluripotent (10 octobre, 2008), StemBook, éd. La communauté de recherche sur les cellules souches, StemBook, doi/10.3824/stembook.1.24.1, http://www.stembook.org. – [1] DirectStemBook Figure 2 Le transcriptome des cellules pluripotentes.Grskovic, M. et Ramalho-Santos, M., Le transcriptome pluripotent (10 octobre 2008), StemBook, éd. La communauté de recherche sur les cellules souches, StemBook, doi/10.3824/stembook.1.24.1, http://www.stembook.org. (CC BY 3.0) via Commons Wikimedia