Les différence principale entre microbiome et microbiote est que le microbiome décrit l'ensemble de l'habitat des micro-organismes, y compris les bactéries, les archées, les eucaryotes inférieurs et supérieurs et les virus, leurs génomes (c'est-à-dire les gènes) et les conditions environnementales environnantes, tandis que le microbiote est l'assemblage de micro-organismes présents dans un environnement défini.

Microbiome et microbiote sont deux termes que nous utilisons de manière interchangeable pour décrire les communautés microbiennes. Cependant, il existe une différence distincte entre le microbiome et le microbiote. De plus, le microbiome comprend à la fois les facteurs biotiques et abiotiques d'un habitat particulier, tandis que le microbiote n'inclut que les facteurs biotiques.

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Qu'est-ce qu'un microbiome

Le microbiome est un terme qui décrit les génomes collectifs des micro-organismes qui résident dans une niche environnementale ou dans les micro-organismes eux-mêmes. De plus, ce terme est basé sur la définition d'un biome, qui fait référence à l'ensemble de tous les facteurs biotiques dans un habitat particulier. De plus, il décrit les conditions environnementales environnantes des micro-organismes.

Figure 1: Microbiome végétal

Cependant, certains scientifiques limitent la définition du microbiome à la collection de gènes et de génomes des membres d'un microbiote. Par conséquent, ici, le microbiome fait référence au métagénome, qui est le matériel génétique trouvé dans un échantillon environnemental. Néanmoins, au sens large, le microbiome peut décrire le métagénome ainsi que l'environnement constitue un habitat particulier. De plus, le microbiome est toujours étudié avec la métagénomique, la métabonomique, la métatranscriptomique et la métaprotéomique combinées à des métadonnées cliniques ou environnementales.

Qu'est-ce qu'un microbiote

Le microbiote est une communauté écologique de micro-organismes commensaux, symbiotiques et pathogènes. Le terme a été introduit par Lederberg et McCray, qui ont souligné l'importance des micro-organismes habitant le corps humain en termes de santé et de maladie. Généralement, un microbiote comprend des bactéries, des archées, des protistes, des champignons et des virus. Ces micro-organismes peuvent être cruciaux pour l'homéostasie immunologique, hormonale et métabolique de leur hôte.

Figure 2: Microbiote cutané humain

De plus, les méthodes moléculaires qui reposent sur l'analyse de gènes d'ARNr 16S, de gènes d'ARNr 18S ou d'autres gènes marqueurs et régions génomiques d'échantillons biologiques impliquent de définir le microbiote d'un organisme particulier ou d'une partie de l'organisme. Ici, les techniques de biologie moléculaire, y compris l'amplification et le séquençage de l'ADN et d'autres affectations taxonomiques, sont utiles pour identifier le type de micro-organismes dans le microbiote.

Similitudes entre le microbiome et le microbiote

Différence entre microbiome et microbiote

Définition

Le microbiote fait référence à l'ensemble de l'habitat des micro-organismes, y compris les bactéries, les archées, les eucaryotes inférieurs et supérieurs et les virus, leurs génomes (c'est-à-dire les gènes) et les conditions environnementales environnantes, tandis que le microbiote fait référence à l'assemblage de micro-organismes présents dans un environnement défini. C'est donc la principale différence entre le microbiome et le microbiote.

Facteurs biotiques et abiotiques

De plus, le microbiome décrit à la fois les facteurs biotiques et abiotiques associés aux micro-organismes dans un habitat particulier, tandis que le microbiote ne décrit que le facteur biotique des micro-organismes de l'habitat.

Importance

Une autre différence entre le microbiome et le microbiote est que le microbiome se concentre principalement sur la constitution génétique des micro-organismes, tandis que le microbiote se concentre principalement sur le type de micro-organismes dans l'habitat.

Conclusion

Le microbiome décrit les micro-organismes, leurs génomes et d'autres facteurs abiotiques associés aux micro-organismes dans un habitat particulier. Par conséquent, il se concentre également sur la constitution génétique des micro-organismes. D'autre part, le microbiote décrit la collection d'une communauté écologique de micro-organismes. De plus, cela ne se concentre que sur les facteurs biotiques constitués de micro-organismes dans l'habitat. Par conséquent, la principale différence entre microbiome et microbiote réside dans le type de facteurs qui décrivent chaque terme.

Les références:

1. Marchesi, Julian R et Jacques Ravel. « Le vocabulaire de la recherche sur le microbiome: une proposition. » Microbiome vol. 3 31. 30 juillet 2015, doi:10.1186/s40168-015-0094-5.

Image de courtoisie:

1. "Microbiome végétal" de Murali Gopal et Alka Gupta - La sélection du microbiome pourrait stimuler les stratégies de sélection végétale de nouvelle génération, Front. Microbiol., 07 décembre 2016. (CC BY-SA 4.0) via Commons Wikimedia 2. "Skin Microbiome20169-300" par Darryl Leja, NHGRI (domaine public) via Commons Wikimedia