Les différence principale entre RNA Seq et microarray est que le RNA Seq (RNA Sequencing) permet d'analyser de nouveaux ARN et variants d'ARN tandis que le microarray permet d'analyser le transcriptome à l'aide de sondes d'ARN connues. De plus, RNA Seq est une technique basée sur le séquençage tandis que le microarray est basé sur l'hybridation.

RNA Seq et microarray sont deux techniques utilisées pour analyser le transcriptome, qui est l'ARNm total exprimé d'un organisme. Ils permettent de déterminer les types de molécules d'ARN formées à un stade cellulaire défini.

Analyse d'expression génique, Hybridation, Microarray, RNA Seq, Séquençage

Qu'est-ce que l'ARN Seq

Séquence d'ARN (Séquençage d'ARN) est une technique qui détermine la séquence des molécules d'ARN dans un échantillon. RNA Seq implique un séquençage à haut débit de molécules d'ADNc. L'ADNc est obtenu à partir de la transcription inverse des molécules d'ARN. Le séquençage de nouvelle génération implique la détermination de la séquence de l'ADNc. RNA Seq permet la détermination de la séquence d'ARN et de leur abondance relative.

Figure 1: processus de séquence d'ARN

RNA Seq est une technique très fiable avec une large gamme de sensibilité. Par conséquent, il peut détecter des séquences d'ARN rares et peu abondantes. La caractéristique unique de RNA Seq est sa capacité à identifier de nouvelles séquences d'ARN et les variantes d'épissage.

Qu'est-ce que la puce à ADN

La puce à ADN est une technique largement utilisée pour analyser l'expression génique d'un organisme particulier. Il utilise des sondes définies qui sont hybridées avec les molécules d'ARN dans l'échantillon. Les sondes simple brin sont fixées à une surface solide connue sous le nom de puce à laquelle l'échantillon d'ARN marqué par fluorescence est hybridé. Les données de séquençage du génome peuvent être utilisées pour concevoir des sondes.

Figure 2: Processus de puce à ADN

Pour une expérience rapide et facile, le microarray est la meilleure technique dans l'analyse de l'expression génique. Mais, les sondes doivent être conçues de manière à détecter également les variantes d'épissage.

Similitudes entre RNA Seq et Microarray

Différence entre RNA Seq et Microarray

Définition

Le RNA Seq fait référence à une technique basée sur le séquençage qui détecte les séquences d'ARN dans un échantillon, tandis que le microarray fait référence à une technique basée sur l'hybridation utilisée pour détecter la présence de séquences d'ARN spécifiques dans un échantillon.

Basé sur

RNA Seq est une technique basée sur le séquençage tandis que le microarray est une technique basée sur l'hybridation réalisée avec des sondes existantes.

Identification de nouvelles séquences

Le RNA Seq peut identifier de nouvelles séquences d'ARN présentes dans un échantillon, tandis que le microarray ne peut identifier que des séquences connues.

Sensibilité

La sensibilité de l'ARN Seq est élevée tandis que la sensibilité du microarray est relativement faible.

Précision

La précision des données de RNA Seq est élevée tandis que la précision des données de puces à ADN est comparativement faible.

Détection SNP

RNA Seq peut identifier les SNP, à l'exception des SNP de novo pour les ARN de faible abondance, tandis que le microarray ne peut pas détecter les SNP.

Coût

L'ARN Seq est cher (300 à 1 000 $/échantillon) en raison de l'analyse bioinformatique approfondie requise par la méthode, tandis que la puce à ADN est moins chère (100 à 200 $/échantillon).

Conclusion

RNA Seq est une technique basée sur le séquençage utilisée pour déterminer les séquences d'ARN présentes dans le transcriptome, tandis que le microarray utilise des sondes spécifiques pour détecter la présence de séquences particulières dans le transcriptome. Le microarray ne peut pas détecter de nouvelles séquences d'ARN ainsi que des séquences d'ARN moins abondantes. Mais, dans RNA Seq, toutes les séquences d'ARN dans l'échantillon peuvent être identifiées. Par conséquent, la principale différence entre RNA Seq et microarray réside dans le type de détection.

Référence:

1. Kukurba, Kimberly R. et Stephen B. Montgomery. "Séquençage et analyse de l'ARN." Protocoles de Cold Spring Harbor 2015.11 (2015): 951–969. PMC. La toile. 3 juillet 2018, disponible ici2. Govindarajan, Rajeshwar et al. « Microarray et ses applications ». Journal of Pharmacy & Bioallied Sciences 4.Suppl 2 (2012): S310-S312. PMC. La toile. 3 juillet 2018, disponible ici

Image de courtoisie:

1. «Résumé de l'ARN-Seq» de Thomas Shafee - Travail personnel (CC BY 4.0) via Commons Wikimedia2. «Résumé du microréseau à ARN» de Thomas Shafee - Travail personnel (CC BY 4.0) via Commons Wikimedia