Différence principale - sonde vs amorce

La PCR est une technique utilisée en biotechnologie pour amplifier des fragments d'ADN spécifiques à diverses fins. La sonde et l'amorce sont deux types d'oligonucléotides simple brin utilisés dans divers types de PCR. Les sondes sont principalement utilisées en qPCR tandis que les amorces synthétiques sont utilisées dans tous les types de PCR. Les différence principale entre la sonde et l'amorce est que la sonde est que la sonde est utilisée pour détecter la présence d'un fragment d'ADN spécifique dans le mélange par l'hybridation avec un ADN double brin tandis que l'amorce est utilisée dans l'initiation de la réaction en chaîne par polymérase par hybridation avec de l'ADN simple brin. Généralement, les amorces sont utilisées dans l'initiation de la réplication de l'ADN à l'intérieur de la cellule. Les sondes sont également utilisées dans les réactions d'hybridation.

Domaines clés couverts

1. Qu'est-ce qu'une sonde - Définition, conception, importance 2. Qu'est-ce qu'une amorce - Définition, conception, importance 3. Quelles sont les similitudes entre la sonde et l'amorce – Aperçu des caractéristiques communes 4. Quelle est la différence entre la sonde et l'amorce – Comparaison des principales différences

Termes clés: hybridation, oligonucléotides, PCR, amorce, sonde, QPCR

Qu'est-ce qu'une sonde

La sonde est un fragment d'ADN ou d'ARN utilisé pour détecter la présence d'un fragment d'ADN spécifique dans un échantillon. Par conséquent, les sondes peuvent être utilisées pour deux types de techniques, en qPCR et dans les réactions d'hybridation. Quatre faits doivent être pris en compte dans la conception d'une sonde.

1. Emplacement – Les sondes doivent s'hybrider avec le brin d'ADN à proximité immédiate de l'amorce inverse ou directe. Mais, il ne doit pas chevaucher les sites de liaison des amorces. Généralement, les sondes s'hybrident avec l'un ou l'autre brin du duplex d'ADN.
2. Température de fusion (Tm) – La température de fusion de la sonde doit être de 6 à 8 °C supérieure à celle des amorces.
3. Température de recuit (Ta) – La température de recuit de l'expérience doit être inférieure de 5 °C à la température de fusion des amorces.
4. Contenu du GC – Le contenu GC de la sonde doit être de 35 à 65 %. L'extrémité 5′ de la sonde ne doit pas contenir de G.

En qPCR, les sondes sont marquées avec des colorants fluorescents ou des éléments radioactifs. Ces sondes sont hybridées avec la séquence cible dans le duplex d'ADN. Différents types de sondes marquées, avec des éléments radioactifs ou par fluorescence, sont également utilisés dans divers types de réactions d'hybridation. L'hybridation des sondes PNA à leurs séquences cibles est représentée sur la figure 1. Des sondes PNA sont utilisées pour déterminer la longueur des télomères.

Figure 1: Hybridation des sondes PNA

Lors de l'hybridation, les sondes se lient à l'ADN simple brin de manière complémentaire.

Qu'est-ce qu'une amorce

L'amorce fait référence à un court brin d'ADN ou d'ARN qui sert de point de départ à la synthèse d'ADN. Les amorces d'ARN sont utilisées à l'intérieur de la cellule pour initier la réplication de l'ADN à l'aide de l'ADN polymérase. Les amorces d'ADN synthétiques sont principalement utilisées en PCR pour amplifier le fragment d'ADN souhaité. La séquence cible est flanquée de deux amorces appelées amorce directe et amorce inverse. Spécificité et complémentarité sont les principaux facteurs dans la conception des amorces. Les structures secondaires doivent également être évitées. D'autres facteurs qui doivent être pris en compte lors de la conception des amorces sont décrits ci-dessous.

1. Température de fusion (Tm) – La température de fusion optimale de l'apprêt avant et arrière doit être de 60 à 64 °C.
2. Température de recuit – La température de recuit de l'expérience doit être inférieure de 5 °C à la température de fusion de chaque amorce.
3. Contenu du GC – La teneur en GC des amorces doit être de 35 à 65 %.

L'annelage de l'amorce directe et inverse aux deux brins de l'ADN cible est illustré à la figure 2.

Figure 2: Recuit d'amorce

Dans le séquençage de l'ADN, des amorces sont utilisées dans l'amplification du fragment cible. Les amorces peuvent être marquées soit avec des éléments radioactifs, soit par fluorescence à diverses fins de détection.

Similitudes entre la sonde et l'amorce

Différence entre la sonde et l'amorce

Définition

Sonde: La sonde est un fragment d'ADN ou d'ARN utilisé pour détecter la présence d'un fragment d'ADN spécifique dans un échantillon.

Apprêt: L'amorce est un court brin d'ADN ou d'ARN qui sert de point de départ à la synthèse d'ADN.

Rôle

Sonde: Les sondes sont utilisées pour détecter un fragment d'ADN spécifique en qPCR.

Apprêt: Les amorces sont utilisées pour initier la réplication de l'ADN. Il est également utilisé dans l'initiation de la PCR.

Longueur

Sonde: La longueur d'une sonde peut aller de 25 à 1000 paires de bases.

Apprêt: La longueur d'une amorce peut aller de 18 à 22 paires de bases.

Hybridation

Sonde: Les sondes sont hybridées avec de l'ADN double brin.

Apprêt: Les amorces sont hybridées avec de l'ADN simple brin.

Étiquetage

Sonde: Les sondes sont généralement marquées avec un fluorophore pour la détection.

Apprêt: Les amorces peuvent être étiquetées en fonction de leur objectif.

Conclusion

La sonde et l'amorce sont deux types d'oligonucléotides simple brin utilisés dans divers types de PCR. Les sondes sont utilisées dans la détection de fragments d'ADN spécifiques en qPCR. Les amorces sont utilisées pour initier la réplication de l'ADN à l'intérieur de la cellule et elles sont également utilisées dans l'initiation de la PCR. Par conséquent, la principale différence entre la sonde et l'amorce réside dans leur objectif.

Référence:

1. Conception d'amorces et de sondes PCR, Technologies de l'ADN intégrées, disponible ici.

Image de courtoisie:

1. «Flux de travail Q-FISH» de Jclam sur Wikipedia anglais (CC BY 3.0) via Commons Wikimedia2. "Amorces RevComp Elongation" de Richard Wheeler (Zephyris) - Travail personnel (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia